对孤南洼陷新生代构造演化特征及沉积特征进行分析可以了解该地区构造演化对沉积的控制作用。研究结果表明，洼陷北部孤南断层的构造演化控制了整个洼陷沉积体系的发育。孤南断层的活动呈现明显的分段性和分期性，其东段的活动强度强于西段，整个洼陷北部构造活动强于南部，沙三段下亚段沉积时期断层活动较沙三段中亚段沉积时期强烈，并形成了与之相对应的沉积模式和准层序叠加方式。与断层活动分段性相对应，洼陷东部地区的三角洲及扇三角洲向湖盆推进的面积较小，而西部地区推进面积则较大。洼陷北部在沙三段下亚段沉积时期由于断层活动强，发育扇三角洲沉积体系，形成正旋回准层序叠加方式；在沙三段中亚段沉积时期随着断层活动减弱，则发育正常三角洲沉积体系，形成反旋回准层序叠加方式。